Am Ende der Ashikagazeit (2. Hälfte des 16. Jhds.) wohnte im Ōshū ein Samurai namens Hayashizaki Jinsuke Minamoto no Shigenobu. Er wurde im Tempel Hayashizaki myōjin in Yamagata-ken zu einer speziellen Schwertziehtechnik inspiriert, und nannte diese Schule "Hayashizaki Musō Ryū", Hayashizaki Shimmei Musō Ryū und Shin Musō Hayashizaki Ryū.

In der Reihe der Sōke, die alle höchst verdienstvoll wirkten und ihre Individualität in den Stil einbrachten, fällt besonders der 7. Sōke Hasegawa Eishin als hervorragender Meister auf. Er fügte dem Stil seine selbstentwickelte Technik dazu und änderte den Namen auf Musō Jikiden Eishin Ryū.

Nach dem 11. Sōke Ōguro Motoemon Kiyokatsu teilte sich die Schule in zwei Linien, Tanimura-ha und Shimomura-ha. Die beiden Gruppen unterschieden sich damals nur in der Art des Trainings, die Basis der Technik war ganz gleich. Die Stilnamen leiteten sich von besonders typischen Vertretern der jeweiligen Ryū-ha ab.
Die Seitō-Linie von Musō Jikiden Eishin Ryū orientierte sich an Tanimura Kame no Jō Takakatsu.
Budōhistoriker sehen die Shimomura-ha als Vorläufer der Stilrichtung Musō Shinden Ryū.
Beide Schulen sind die heute am häufigsten praktizierten Iaidōstile mit der weitesten Verbreitung und den meisten aktiven Mitgliedern.